Maakonnas on 16 üldhariduskooli: 2 algkooli, 11 põhikooli (neist 7 Lääne-Nigula vallas) ning 3 gümnaasiumit, sh 2 riigigümnaasiumit.

Erivajadustega õpilastele pakub põhiharidust riigi hallatav Haapsalu Viigi Kool. Võimalusena on olemas ka lihtsustatud õppekava läbimine vastavalt konkreetse õppuri vajadustele. Vajadusel saab õpilase jaoks koostada individuaalse õppekava. Kool võimaldab ka taastusravi paralleelselt õpingutega.

Kutseharidust pakub Haapsalu Kutsehariduskeskus.

Kõrgharidust on võimalik omandada Tallinna Ülikooli Haapsalu kolledžis, kus on avatud neli õppekava (käsitöötehnoloogiad ja disain, liiklusohutus, rakendusinformaatika, tervisejuht).